La plus célèbre et la plus visitée des grottes du Circeo après la grotte Guattari, sur le versant sud du promontoire, au lieu-dit Quarto Caldo. Dès l’entrée, on se trouve dans une majestueuse salle en forme de coupole, haute de plus de 15 mètres, qui se divise ensuite en trois branches : un boyau au fond long d’une trentaine de mètres, une deuxième branche au passage bas et une troisième accessible par une rampe près de l’entrée. Autrefois appelée « Grotte de la Magicienne », d’après la légende selon laquelle Circé y préparait ses sortilèges, elle a livré des vestiges attribués à Néandertal et à Sapiens, ainsi qu’une sépulture préromaine ; son accès commode à la mer, propice à la baignade, en fait aussi un lieu très fréquenté en été.
La Grotta delle Capre (grotte des Chèvres) est l’une des grottes les plus célèbres du Circeo, car elle est facile d’accès par la terre – par la Via del Faro depuis le centre historique – et possède en contrebas une vaste aire semi-circulaire où l’on peut se baigner depuis les rochers et prendre le soleil. Elle doit son nom aux bergers qui l’utilisaient comme abri pour leurs troupeaux. C’est aussi l’un des sites préhistoriques les plus importants de l’Agro Pontino. Son intérieur, orné de belles stalactites, se divise en deux espaces contigus, et ses parois présentent, à environ 8 mètres au-dessus de la mer, une superbe encoche fossile de rivage, dessinée par les perforations des lithophages (dattes de mer). Ces trous témoignent d’un ancien niveau marin d’une mer chaude interglaciaire, bien plus haut qu’aujourd’hui. Pendant les périodes interglaciaires, la fonte de la plupart des glaciers continentaux renvoyait d’énormes quantités d’eau vers la mer, d’où une montée du niveau côtier et l’inondation des plaines intérieures. Il y a environ 120 000 ans, pendant l’interglaciaire Riss-Würm, la mer, plus haute et plus chaude qu’aujourd’hui, envahissait la plaine pontine, entourant notre promontoire et faisant du Circeo une île. Ce site aussi fut étudié par Blanc en 1936, et grâce à ses fouilles on a pu retracer l’histoire de la grotte et reconstituer un milieu écologique quaternaire de notre territoire. Parmi les fossiles livrés par les nombreuses couches se distinguent des restes d’hippopotame associés à des fragments carbonisés de sapin. Cette découverte singulière montre la « cohabitation » au Circeo, pendant un temps, d’un animal des climats chauds avec une végétation typique du climat froid de la dernière glaciation. Il est probable que sur le littoral proche du promontoire se soit formée, sous l’effet modérateur de la mer et des marais voisins, une sorte d’« île » climatique plus tempérée, où, les rudes températures de la dernière phase glaciaire s’étant nettement adoucies, se réfugièrent quelques représentants d’une faune chaude en voie d’extinction.